众所周知，除了我们生活的环境周围充满细菌，我们人体的内环境也有各种各样的细菌。有益菌（如：益生菌）和有害菌（如：病原菌）每天都在为争夺胃肠道内的主导权而发动“战争”。
所谓的病原菌就是一种仪器疾病的微生物，比如病毒或细菌。病原菌为什么会使人生病呢？因为他们能产生致病物质，造成宿主感染。如果不产生致病物质，就是非病原菌。至于正常菌群，当与宿主处于生态平衡状态，它们并不引起机体的感染，故属于非病原菌范畴。但是，在特定条件下，因为菌群失调、宿主免疫功能低下或菌群寄居部位改变造成了生态失调状态，正常菌群也能引起感染，这样它们又应看成病原菌。为此，将这些正常菌群称为条件性病原菌或机会性病原菌，意思是在特殊条件下或遇到合适机会时，它们也可以具有病原菌的特性，造成人类感染性疾病。
菌群失调是指机体某部位正常菌群中各菌种间的比例发生较大幅度变化而超出正常范围的状态，由此产生的病症，称为菌群失调症或菌群交替症。菌群失调时，多引起二重感染或重叠感染，即在原发感染的治疗中，发生了另一种新致病菌的感染。菌群失调的发生多见于使用抗生素和慢性消耗性疾病等。临床上长期大量应用广谱抗生素后，大多数敏感菌和正常菌群被抑制或杀灭，但耐药菌则获得生存优势而大量繁殖致病，如耐药金黄色葡萄球菌引起腹泻、败血症，对抗生素不敏感的白假丝酵母菌引起鹅口疮、阴道炎、肠道和肛门感染。
此时，“治本”的处理方法就是调整胃肠道菌群平衡，而最直接的方法就是补充益生菌。在日常的饮食中可以多使用一些含有益生菌的酸奶、奶酪等食品，或者直接补充益生菌保健品。如果口腔溃疡、腹泻、便秘等病症严重，长期便秘怎么办？单靠食用日常食品是不能改善的，可以在医生的指导下，服用可以补充益生菌（如：双歧杆菌、乳杆菌、乳酸菌等）的药物。
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